Mega Man X DiVE lấy bối cảnh của thế giới kỹ thuật số tên là Deep Log, nơi tất cả những nhân vật của dòng Mega Man được lưu trữ lại. Bao gồm tất cả những con boss, kẻ thù xuất hiện trước đây trong series. Một ngày nọ một loại virus bất ngờ xuất hiện và khiến những Mavericks thức tỉnh và làm rối loạn mọi thứ.